وقد بدأ الضعف يدب فى غانا منذ عام 1203م حتى استطاع جيش احد الاقاليم التابعة لها وهو اقليم صوصو أن يهاجم العاصمة ويستولى عليها عام 1240م فاضطر مسلمو غانا للفرار الى ولاته شمال كومبى واصبح هذا المكان الجديد مركزا للحياة الاسلامية فى الصحراء الكبرى.
انتشرالاسلام قليلا فى غانا قبل قدوم المرابطين بل ذكرت بعض الروايات أن أحد ملوك غانا قد اعتنق الاسلام عام 333هج .

وكان القتال مستمرا بين امبراطورية غانا والملثمين فى الشمال بزعامة قبيلة لمتونة والذين كانت قاعدتهم اودغشت وتمكنت غانا من احراز النصر على الملثمين ،الا ان جماعة المرابطين تمكنوا من استعادة مدينة اودغشت عام 446من غانا على واعتنق معظم الغانين الاسلام ،وتمكن زعيم المرابطين ابو بكر اللمتونى من دخول قاعدة غانا مدينة كومبى صالح وفرض اللمتونى الاسلام على سكان غانا.
وبعد ضعف دولة المرابطين ارتحلت عدة قبائل نحو الجنوب وانهارت امبراطورية غانا وقامت مكانها امبراطورية الصوصو وكان لارتحال القبائل نحو الجنوب أثر فى تعمق الاسلام نحو خليج غانا .